Fino a pochi anni fa si riteneva che i grandi laghi a sud delle Alpi, e quindi il lago di Como, fossero nati esclusivamente in seguito all’erosione provocata dai ghiacciai durante gli ultimo 700.000 anni, ma sofisticate tecniche di indagine del sottosuolo e recenti studi sul territorio Italiano hanno permesso di formulare una nuova, ardita teoria.

In questi laghi la profondità del fondo roccioso e di 600-700 metri sotto il livello del mare, e la loro sezione trasversale in profondità è a "V" e non a "U", come dovrebbe essere se fosse di origine glaciale.

Molti geologi quindi avanzano l’ipotesi che la loro origine sia da collegare al prosciugamento del Mediterraneo, avvenuto ben prima della glaciazione, ovvero 5-6 milioni di anni fa.

Secondo questa ipotesi, il radicale abbassamento del livello del mare avrebbe accresciuto enormemente il potere di erosione degli antichi fiumi alpini, che avrebbero inciso così profondamente il suolo e i fianchi delle montagne da scavare vere e proprie vallate – successivamente modellate dai ghiacciai . che oggi sono i laghi di Como, Garda, Maggiore. Questo spiegherebbe anche la notevole depressione dei laghi a sud delle Alpi rispetto a quelli a nord di esse: i fiumi a nord, infatti, non erano collegati con il Mediterraneo, e di conseguenza non risentirono gli effetti dell’erosione.